Ein Blick zurück in die Geschichte zeigt, dass Meckenheim bereits vor mehreren tausend Jahren ein interessanter Ort war. Ausgrabungsfunde aus dem 19. und 20. Jahrhundert dokumentieren, dass die fruchtbaren Lößflächen beiderseits der Swist um 4000 v. Chr. (Jüngere Steinzeit) dauerhaft besiedelt wurden. Weitere Reste sind aus der älteren und jüngeren Eisenzeit nachgewiesen - für den Zeitraum von etwa 1000 bis in die beiden letzten Jahrhunderte vor Christus. Nach den Feldzügen Caesars gegen die Eburonen gelangte wahrscheinlich in der zweiten vorchristlichen Jahrhunderthälfte der Raum Meckenheim unter römischen Einfluss. Etwa 20 Einzelsiedlungen in Form bäuerlicher Betriebe sowie Gutshöfe, Grabanlagen, militärische Übungslager und Reste eines Matronenheiligtums sind aus dieser Zeit verbürgt. Durch Meckenheim führte eine römische Wasserleitung, die als ein Meisterwerk der Ingenieurkunst Köln mit Trinkwasser aus der Eifel versorgte. Das Tal der Swist wurde mit einem Aquädukt überbrückt, der mehr als 1 Kilometer lang war.

Um die Mitte des 5. Jahrhunderts eroberten die Franken den Meckenheimer Siedlungsraum. Als deren Gründungen werden Siedlungen angesehen, die auf -heim oder -dorf enden, wie Meckenheim, Altendorf und Ersdorf. Ihre Spuren haben die Franken in Meckenheim vor allem in Form von Gräberfeldern hinterlassen. Mehr als 300 Gräber, die sich teilweise durch reiche Grabbeigaben auszeichneten, konnten freigelegt und untersucht werden. Um das 7. bis 8. Jahrhundert kam in Meckenheim dank der tonhaltigen Böden auch das Töpfereigewerbe auf, das dann kontinuierlich bis zum 15. Jahrhundert ausgeübt wurde.

Meckenheim wurde urkundlich erstmals 853 erwähnt, als der Priester Herigar seinen Besitz in Meckenheim dem Bonner Cassiusstift schenkte. Bei den Besitzungen, die das Cassiusstift zu einem der beiden bedeutenden kirchlichen Grund- und Gerichtsherren in Meckenheim machte, handelte es sich um den Fronhof, der in der Nähe der Kirche St. Johannes der Täufer lag. Zweiter und wichtigster Grund- und Gerichtsherr war das Kölner Mariengradenstift, das seit 1059 mit Niederhof, Burghof und 21 Lehnsträgern über 1000 Morgen Land verfügte, was etwa einem Drittel der in der Mitte des 17. Jahrhunderts landwirtschaftlich genutzten Fläche entsprach.

Das Geschlecht der Junker von Meckenheim ist nur bis 1608 auf dem Burghof ansässig gewesen, da es den Besitz wegen Überschuldung an das Mariengradenstift als seinen Lehnsherren zurück geben musste.1726 kaufte Freiherr Johann Friedrich von Cler dem Stift für 20.000 Reichstaler seine Meckenheimer Güter ab. Die Familie von Cler lebte bis 1920 in Meckenheim.

Am 28. Juli 1636 wurden Meckenheim vom Kölner Erzbischof, dem Kurfürsten Ferdinand von Bayern, die Stadtrechte verliehen. Der Ort blieb jedoch ein vorwiegend agrarwirtschaftlich bestimmtes Gemeinwesen, das um 1500 etwa 300, um 1700 etwa 550, 1812 etwa 1100 und 1870 rund 1650 Einwohner hatte. Der 28. März 1787 wurde zu einem Schreckenstag, da ein verheerender Brand die Stadt in Schutt und Asche legte. Nach der Besetzung des Rheinlandes durch französische Revolutionstruppen 1794 wurden die Stadtrechte durch die Einführung der französischen Gemeindeordnung aufgehoben. Erst 1929 erhielt Meckenheim das Recht, den Titel "Landgemeinde Stadt Meckenheim" zu führen.

Eine Bedeutung als Stadt der Baumschulen und Edelobstplantagen erhielt Meckenheim Mitte des 19. Jahrhunderts, als die ersten Baumschulen gegründet wurden. Auch heute nehmen die Obstplantagen den größten Teil der landwirtschaftlich genutzten Flächen Meckenheims ein. Sie legen nicht nur Zeugnis von den hochwertigen Böden ab, sondern ebenso von den günstigen klimatischen Bedingungen, die sich wohltuend vom Klima des Rheintals unterscheiden.

Von einer Katastrophe, die nur mit dem Stadtbrand von 1787 zu vergleichen ist, wurde Meckenheim am 2. und 5. März 1945 getroffen. Schwere Bombenangriffe zerstörten den Ortskern völlig, etwa 250 Menschen wurden getötet. In der Mitte der 50er Jahre war der Wiederaufbau weitgehend abgeschlossen und die Einwohnerzahl auf 2500 Personen angestiegen. Bis 1962 wuchs der Ort auf 4500 Einwohner an. In diesem Jahr gründete Meckenheim gemeinsam mit der Nachbargemeinde Merl, dem damaligen Landkreis Bonn und der Westdeutschen Landesbank die Entwicklungsgesellschaft Meckenheim-Merl GmbH. Sie wurde für das Gebiet zwischen den alten Ortslagen Meckenheim und Merl mit der städtebaulichen Planung, Erschließung und Gewerbeansiedlung beauftragt. Der von der damaligen Bundeshauptstadt Bonn ausgehende Siedlungsdruck sollte in geordnete Bahnen gelenkt werden. Ziel der Entwicklungsmaßnahme war, eine infrastrukturell gut ausgestattete und lebensfähige Mittelstadt aufzubauen. Nach über 30 Jahren der Entwicklung gilt diese Maßnahme inzwischen als abgeschlossen.