Das heutige Merl wird erstmals 1199 als "Merlo" erwähnt. In Merl besaß das Bonner Cassius Stift einen größeren Hof. In Merl hatte das Stift das Recht, den Zehnten einzuziehen. 1311 und 1320 verliehen der Probst und das Kapitel zu Bonn die Hebung des großen und kleinen Zehnten zu Ersdorf, Altendorf und Merloe = Merl. In einem alten Urkundenbuch finden sich 1320 die Namen Mathias und Gobelin von Merloe, es ist jedoch nicht nachzuweisen, dass sie mit Merl in Verbindung standen. Eberhard Vogt zu Belle und sein Bruder Gerlach verkauften 1402 die Burg zu Are, das Haus Gudenau und den Hof zu Merl, der Lehen des Bonner Propstes war, an die von Drachenfels. Otto Waldbott von Bassenheim wurde der Erbe des Hauses Gudenau, sein Enkel gleichen Namens kaufte im 16. Jahrhundert systematisch eine Vielzahl verschuldeter Besitztümer im Umkreis seines Gudenauer Herrschaftsbereiches auf. Im 17. Jahrhundert konnte sich Waldpott von Bassenheim, Herr zu Gudenau, nicht nur Erbburggraf des Erzstifts Köln, Herr des Ländchens Drachenfels, sondern auch Herr zu Villip, Oedingen, Nierendorf Roitzheim, Billig und Merl nennen. Wahrscheinlich war der Hof in Merl jedoch noch immer ein Lehen des Cassiusstiftes, mit dem Max Hartard Waldbott von Bassenheim 1701 belehnt wurde. Um den Hof bauten im Laufe der Jahrhunderte Menschen ihre Häuser, so dass die Ansiedlung allmählich zu einem Dorf heranwuchs.

Nördlich der Michaelskapelle hat der historische Dorfkern Merls gelegen, der wohl eine Fläche von 90 x 100 Metern hatte. Es wird ehemals das Areal des Hofes zu Merl gewesen sein. Wie viele Anlagen war auch Merl mit einem breiten Graben gesichert, der die Bewohner und ihr Eigentum gegen die im 16. und 17. Jahrhundert herumstreifenden Söldner und andere Gefahren schützen sollte.

Viele Jahrhunderte hatte Merl keine eigene Kirche. Die kleine Gemeinde wurde vom Pfarrer von Meckenheim betreut. Das Ende des 16. Jahrhunderts in Merl lebende kinderlose Ehepaar Michael und Anna Wüllens ließen eine Kapelle bauen, die 1899 abgerissen wurde. Am 10. Juni 1900 wurde die neue Kapelle, der Merler Dom, feierlich eingeweiht. 1974 wurde Merl schließlich eine eigene Pfarrei. 1977 weihte die evangelische Gemeinde das Kirchenzentrum "Arche" ein.

Als französische Truppen 1794 das linksrheinische Gebiet einnahmen, gehörte Merl bald zum Canton Rheinbach im Rhein-Mosel-Département und zählte zur Verwaltungseinheit "Mairie d"Adendorf". 1836 wurde das erste Schulhaus gebaut. Bereits zwei Jahre zuvor nahm die erste Schulklasse den Unterricht auf. 1872 entstand ein größerer Neubau, der 1955 komplett umgebaut wurde. Selbstständig wurde der Ort 1863. Nach dem ersten Weltkrieg bis 1926 war Merl unter französische Besatzung.

1962 gründeten Merl und Meckenheim gemeinsam mit dem damaligen Landkreis Bonn und der Westdeutschen Landesbank die Entwicklungsgesellschaft Meckenheim-Merl GmbH. Sie wurde für das Gebiet zwischen den alten Ortslagen Meckenheim und Merl mit der städtebaulichen Planung, Erschließung und Gewerbeansiedlung beauftragt. Der von der damaligen Bundeshauptstadt Bonn ausgehende Siedlungsdruck sollte in geordnete Bahnen gelenkt werden. Ziel der Entwicklungsmaßnahme war, eine infrastrukturell gut ausgestattete und lebensfähige Mittelstadt aufzubauen. Nach über 30 Jahren der Entwicklung gilt diese Maßnahme inzwischen als abgeschlossen.

Durch die kommunale Gebietsreform 1969 verlor die Gemeinde Merl ihre Selbstständigkeit und wurde der Stadt Meckenheim angegliedert. 

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